1989年,独揽大权的巴拿马军事独裁者曼纽尔·诺列加(Manuel Antonio Noriega Moreno)威胁,如果美国不完全批准《巴拿马运河条约》,他就会破坏运河。1989年12月,时任美国总统老布什(George H. W. Bush)出兵巴拿马,拘捕诺列加。1995年,在巴拿马签订条约保证运河永久中立化后,美国如期于1999年12月将运河正式移交巴拿马政府,并由巴拿马运河管理局掌管至今。运河集装箱码头的25年运营期招标由李嘉诚旗下的和记黄埔公司中标,于1997年开始营运,并于2021年再次续约25年。
2016年,巴拿马成为时任台湾总统蔡英文上任后出访的第一个国家。蔡英文访问期间出席了巴拿马运河拓宽竣工仪式并题词。然而仅仅一年后,巴拿马宣布和台湾断交并与中华人民共和国建交。时任总统胡安·瓦雷拉(Juan Carlos Varela)亲自为中国承建的科隆集装箱码头工程奠基,还宣布中方将投入7.5亿美元建设并创造大量就业机会。